ある日、親友の飛鳥了の屋敷に招かれたナイーブな少年・不動明。了がそこで明に語ったのは、地球には悪魔（デーモン）と呼ばれる先住生物が実在し、彼らによる侵略が、今まさに始まろうとしているという警告だった。

TVシリーズ化もされた人気カードゲーム・コミック「遊☆戯☆王」の劇場版第3弾。カードバトル・デュエルによってネオ童実野シティを守っている不動遊星は、世界の破滅を目論む未来から来た謎の男・パラドックスに